В Аместрисе все более или менее спокойно. Фюрер принимает новых государственных алхимиков, следит за порядком в стране, полковник Мустанг с майором Хьюзом и своей командой решает более мелкие дела и отдает задания Цельнометаллическому алхимику, который вместе с Альфонсом после долгих поездок все ещё находится в Централе.  Так же к братьям Элрик примкнули гости из Син: Линг Яо, Лан Фан и Фу, ведь им все ещё нужен секрет бессмертия.
В своем мире Альфонс Хайдрих совершает преобразование и ночью Врата оставляют его где – то на окраинах Аместриса без сознания. Тем временем Рой получает отчет о том, что далеко за чертой Централа видели несколько ярких вспышек и глухие хлопки, после чего все мгновенно стихло. Полковник решает отправить на дело старшего Элрика, чтобы тот разведал обстановку и впоследствии написал об этом отчет. Сам же он начинает обсуждать серию недавних убийств со своей командой и Хьюзом.
На утро Эдвард и Альфонс отправляются в путь, чтобы выполнить поручение Мустанга, за ними увязывается принц и его подданные. Дорога их лежит как раз – таки к окраинам города, а посему встреча с Хайдрихом неизбежна. Придя в себя, пришелец рассказывает новым знакомым о том, что случилось. Эд решает пока спрятать Альфонса у Рокбеллов, посчитав за лучший вариант пока не рассказывать ничего армии, даже полковнику.
Тем временем Уинри не так давно приехала домой с Долины Раш, чтобы немного отдохнуть и использовать новые знания в любимом деле.
Отец заранее почувствовал, что произошло нечто, не вписывающееся в рамки обычного, и узнал от гомункулов, что открыты некие Врата, выбросившие в этот мир постороннего человека. Догадываясь, кто успел узнать обо всем раньше, он посылает Похоть, Обжорство и Зависть проследить за братьями Элрик, и если они действительно как – то причастны к случившемуся – доставить их к нему.

Игра начинается с 18 марта 1915 года, день перед ночью, когда должны открыться Врата (подробнее в таблице).